是由Diatchenko等建立的以抑制性PCR和DNA差减杂交方法相结合的方法。

依据的主要技术有两点：(1)消减杂交；(2)抑制PCR。经抑制差减杂交后的cDNA群体不仅富集了差异表达基因(目的基因)，而且目的基因间丰度的差异经过均等化作用已基本消除，使消减后的cDNA群体为丰度一致的目的基因群体。

抽提两种不同来源组织的mRNA(tester和driver)，反转录成 cDNA,用4碱基识别酶(RsaI)或HaeIII酶切两种cDNA产生平端片段；将testerc DNA分成均等的两份，分别接上dapter1和adapter2两种接头，并与过量的经RsaI消化的driver样本变性后退火杂交。

第一次杂交后的4种产物：

a 单链testercDNA

b 自身退火的testercDNA双链

c tester和driver的异源双链

d drivercDNA

根据复性动力学原理，丰度高的单链cDNA退火时产生同源杂交速度快于丰度低的单链cDNA，因此第一次杂交使得丰度有差别的cDNA的单链分子的相对含量趋向一致。混合两份杂交样品，同时加入新的变性driver cDNA 进行第二次消减杂交。杂交完全后补平末端，加入合适引物(即adapter1和adapter2的部分特异序列)进行PCR扩增，只有含不同接头的双链DNA分子才可进行指数扩增,扩增产物即为目的片段。利用adapter上的酶切位点可进行克隆、测序等。